Sebagaimana masa Abu Bakar, di zaman Khalifah ketiga (Utsman bin Affan),  Zaid bin Tsabit adalah orang yang juga terlibat dalam pengumpulan al-Quran kedua.  Secara garis besar, menurut Taufik Adnan Amal , riwayat-riwayat ini dapat dikelompokkan ke dalam dua kategori: riwayat versi mayoritas dan riwayat versi minoritas. Riwayat versi mayoritas merupakan yang paling tersebar dan diterima secara luas di kalangan umat Islam. Adapun riwayat versi minoritas, tidak mendapat pengakuan secara luas, sekalipun dari segi mata rantai periwayatan menempati kedudukan yang sama dengan veris mayoritas.

Hal yang menjadi latar belakang dari pengumpulan al-Quran kedua ini ialah pertikaian di antara kaum muslimin tentang kitab Allah ini. Maka kepada Hafshah, Utsman meminta agar shuhuf yang berada di tangannya diberikan kepada Utsman untuk kemudian diperbanyak serta disalin ke dalam mushaf-mushaf dan setelah semua itu selesai baru lagi dikembalikan kepada Hafshah.

Dalam penyusunan ini, Utsman memanggil beberapa orang di antaranya Zaid bin Tsabit, Abd Allah ibn al-Zubayr dan Abd al-Rahman ibn al-Harits ibn  Hisyam. Dan kepada mereka bertiga ini, Utsman memesankan: “Jika kalian berbeda pendapat dengan Zaid mengenai al-Quran, maka tulislah dalam dialek Quraisyu, karena al-Quran itu diturunkan dalam bahasa mereka.” Mereka mengikuti perintah tersebut, dan setelah berhasil menyalin shuhuf itu menjadi beberapa mushaf, Ustman mengembalikannya kepada Hafshah. Mushaf-mushaf salinan yang ada kemudian dikirim Utsman ke setiap propinsi dengan perintah agar seluruh rekaman tertulis al-Quran yang ada-baik dalam bentuj fragmen atau kodeks-dibakar habis.

Sebagaimana riwayat versi mayoritas di atas, pengumupulan al-Quran masa Utsman dilakukan oleh satu tim komisi yang berjumlah empat orang.  Ketuanya ialah Zaid bin Tsabit, seorang anshar yang sewaktu mudanya aktif sebagai sekretaris Nabi dan mencatat-catat wahyu al-Quran. Anggota komisinya adalah Abd Allah ibn al-Zubayr. Orang yang berasal dari keluarga terpandang di Mekkah. Sementara Sa’id ibn al-‘Ash, anggota komisi kedua, lahir beberapa saat setelah hijrah dari keluarga Umayyaah. Anggota komisi yang terakhir adalah Abd Rahman ibn al-Harits, berasal dari keluarga Mahzum  yang terkemuka di Mekkah.

Itu dari versi mayoritas. Sementara versi minoritas mengungkap hal lain. Nama Sa’id hilang dari keanggotaan komisi dan sebagai gantinya muncul nama Abd Allah ibn Abbas. Penyebutan Ibn Abbas di sini jelas menunjukkan tendensi untuk memasukkan peran keluarga Nabi dalam pembuatan kodeks resmi. Riwayat versi minoritas lainnya juga menyebutkan keterlibatan Ubay ibn Ka’ab dalam komisi yang dibentuk Utsman. Tetapi, riwayat ini secara sederhana bisa ditolak dengan tahun kematiannya pada 22 H, yang jauh mendahului pembentukan komisi Ustman.
Sementara dalam sejumlah riwayat lainnya, hanya disebutkan dua nama yang mengerjakan kodifikasi pada masa Utsman, yaitu Zaid bin Tsabit dan Sa’id ibn al-‘Ash, dengan pertimbangan bahwa Zaid merupakan penulis terbaik yang pernah menyalin wahyu pada masa Nabi-karena itu ditugaskan menulis-dan Sa’id merupakan yang terfasih bahasanya-karena itu ditugaskan untuk mengimlak atau mendikte.

Adapun menurut Prof. M. M. Al-‘Azami , ia mengatakan bahwa yang terlibat dalam pengumpulan al-Quran di masa Utsman ada sekitar dua belas orang. Mereka itu adalah: 1) Sa’id bin al-‘As bin Sa’ud bin al-‘As, 2) Nafi’ bin Zubair bin ‘Amr bin Naufal, 3) Zaid bin Tsabit, 4) Ubay bin Ka’ab, 5) Abdullah bin Zubair, 6) Abdur Rahman bin Hisham, 7) Khatir bin Aflah, 8) Anas bin Malik, 9) Abdullah bin Abbas, 10) Malik bin Abi Amir, 11) Abdullah bin Umar, dan 12) Abdullah bin ‘Amr bin al-‘As.

Kepada kedua belas orang itu Utsman memberikan tugas untuk mengumpulkan al-Quran. Dan sebagaimana dijelaskan oleh Sejarawan Ibn Asakir dslam bukunya ‘History of Damascus’, Utsman dalam ceramahnya mengingatkan, “Orang-orang yang telah berbeda dalam bacaan mereka, saya menganjurkan kepada kepada siapa saja yang memiliki ayat-ayat yang dituliskan di hadapan Nabi Muhammad hendaklah diserahkan padaku.”  Maka mengumpulkanlah orang-orang yang memiliki mushaf yang berbeda kepada Utsman dan setiap darinya pasti akan ditanya, “Apakah kamu belajar ayat-ayat ini seperti yang dibacakan langsung dari Nabi sendiri?” dan mereka menjawab disertai sumpah.

Kemudian dalam pengumpulan al-Quran juga oleh kedua belas orang di atas, Utsman tak lupa mengambil shuhuf dari A’isyah sebagai perbandingan. Begitu pula dengan mushaf yang berada di tangan Hafshah, ia juga diambil sebagai bahan verifikasi atau kecocokan dengan yang telah dibuat oleh tim dua belas.

Setelah memaparkan pandangan Taufik Adnan Amal dan Prof. Dr. M. M. Al-A’zami, jelaslah bagi kita bahwa yang menjadi perbedaan di antara keduanya ialah jika Prof. ‘Azami hanya terfokus pada riwayat-riwayat moyoritas dan sudah pasti, Taufik Adnan Amal melakukan hal  yang berbeda. Ia mencoba untuk kritis terhadap pandangan yang sudah ada dan kemudian mengungkap riwayat lain, riwayat yang jarang kita dengar dan itu amat bertentangan dengan wawasan yang kita ketahui sebelumnya.